첨부된 DIO1.cif를 직접 확인한 결과, 다음 사항을 먼저 반영해야 합니다.
| 항목 | 확인 결과 |
|---|---|
| 단백질 chain | A와 B, 각각 216개 잔기 |
| 포함된 ligand | chain C의 LIG_C 1개 |
| A:92 | THR |
| A:93 | SEC, selenocysteine |
| A:123 | GLU |
| A:141 | HIS |
| 표적 잔기 신뢰도 | 해당 부위의 AlphaFold confidence 값이 대체로 약 95–99로 높음 |
현재 ligand C는 A:93과는 약 3.4 Å로 가깝지만, A:123과는 약 8.8 Å, A:141과는 약 14.5 Å 떨어져 있습니다. 따라서 이번 목적에는 --ref_ligand C:1보다 --resi_list로 표적 pocket을 직접 정의해야 합니다.
또한 DiffSBDD는 내부적으로 Bio.PDB.PDBParser를 사용하여 PDB 파일만 읽으며, --resi_list A:92 A:93 ... 형식으로 지정된 잔기만 pocket representation에 사용합니다. 공식 CrossDocked full-atom 모델의 원소 encoder에는 selenium이 없으므로 SEC93의 Se를 그대로 사용하면 오류가 날 가능성이 높습니다.
따라서 다음 순서가 가장 안전합니다.
- 원본 CIF 보존
- DiffSBDD 전용 PDB 생성
- SEC93을 좌표는 유지한 채 CYS93의 S로 근사
- 20개보다 많은 후보를 생성
- 네 표적 잔기에 모두 가까운 후보만 선별
- 최종 20개를 저장
* 결과를 “DIO1 결합 약물”로 해석하면 안 되는 이유
DIO1_top20.sdf의 후보는 다음 조건을 만족하는 de novo 생성 후보물질입니다.
- 화학적으로 sanitization 가능
- 서로 중복되지 않음
- 생성 pose가 A:92, A:93, A:123, A:141 모두에 5 Å 이내로 접근
- 기본적인 drug-likeness 지표 계산 완료
그러나 다음은 아직 입증되지 않습니다.
- 실제 DIO1 결합
- DIO1 효소활성 억제
- selenium과의 적절한 전자적 상호작용
- 단백질 전체 구조에서의 steric clash 부재
- 안정적인 binding pose
- 선택성 및 독성
특히 DiffSBDD는 지정된 pocket 잔기만 생성 조건으로 사용하며, 생성 후 --relax도 단백질 전체를 고려하지 않습니다. 공식 문서 역시 --relax가 단백질을 고려하지 않아 clash를 유발할 수 있다고 명시합니다. 따라서 이번 단계에서는 --relax를 사용하지 않는 것이 적절합니다.
다음 검증 단계에서는 원래의 SEC/Se를 복원한 A/B dimer 구조를 사용하여 GNINA 또는 다른 docking으로 재배치·점수화하고, selenium parameter를 포함한 MD로 검증해야 합니다. 또한 첨부 구조에서는 chain B도 표적 부위 가까이에 있으므로, 후속 docking에서는 chain A만이 아니라 DIO1_AB_native_no_ligand.pdb를 기준으로 전체 입체장애를 확인하는 것이 안전합니다.